Las desventajas de la educación virtual pueden ser:

• El acceso desigual en la población.
• Limitaciones técnicas: desconexiones, imprecisiones.
• Fallas técnicas que pueden interrumpir las clases.
• La comunicación de red y la vía excedente de los alumnos puede desviar la atención de los alumnos.
• Alto costo del material de los equipos y de la producción del material.
• Falta de estandarización de las computadoras y multimedias.
• Falta de programas en cantidad y calidad en lengua castellana, aunque existan muchos en lengua inglesa.
• Puede ser lenta y por lo tanto desmotivadora.
• Los materiales pueden no estar bien diseñados y confeccionados.
• Puede ser que el educando se aísle y no planifique correctamente sus actividades y horarios.
• Se utilizan canales unidireccionales de comunicación con el alumno.
• No se ofrece el mismo contacto persona a persona así como las calases presénciales.
• Se requiere un esfuerzo de mayor responsabilidad y disciplina por parte del estudiante.
• No todo se puede aprender del Internet.
• Escasez de docencia, a nivel mundial, sólo un tercio de profesores que dictan clases virtuales han sido entrenado para enseñar por Internet.
• Muchas universidades ofrecen programas que no están acreditados por entidades autorizadas, ni utilizan correctamente los parámetros de la educación virtual.